En Pepitas de Calabaza, la ciudad de Mérida se convierte en escenario y a la vez protagonista de una historia de abuso y de resistencia, de duelo y deseo, de colonialismo y de reivindicaciones, de malas decisiones y de crecimiento. En este ambiente, Paco y Raquel se ven obligados a atravesar el paso de la adultez entre pasiones y pérdidas. La atracción entre ellos se mezcla con el aburrimiento en un paisaje inclemente que los obliga a madurar entre alcohol, drogas, sexo y música subterránea.